Historia zespołu klasztornego sióstr klarysek jest związana nierozerwalnie z dziejami Starego Sącza. Powstanie miasta było konsekwencją nadania św. Kindze Ziemi Sądeckiej w roku 1257 i podjętej przez niż akcji kolonizacyjnej. Ufundowany przez św. Kingę w roku 1280 klasztor klarysek otrzymał od fundatorki jako uposażenie ziemię sądecką wraz z miastem. Został on usytuowany obok układu miejskiego, nad stromą szkarpą doliny Popradu.
Pierwszy kościół p.w. św . Klary, założycielki zakonu klarysek, zapewne drewniany, z częścią murowaną, poświęcony został w 1285 r. Przebudowany w 1332 r. w stylu gotyckim, poświęcony został Trójcy Świętej. Liczne pożary sprawiły, że był on wielokrotnie przebudowywany i remontowany. Zachował jednak charakter budowli gotyckiej, o czym świadczy bryła świątyni oraz żebrowo krzyżowe sklepienie prezbiterium i kaplicy pod chórem. Kościół jest budowlą jednonawową, o wydłużonym pięcioprzęsłowym korpusie i krótkim, węższym od korpusu prezbiterium. Trzy zachodnie przęsła podzielone są na dwie kondygnacje. Górną zajmuje oratorium zakonne.
Ołtarz główny z 1699 r. i ołtarze boczne są dziełem artysty włoskiego Baltazara Fontany i wykonane zostały z czarnego marmuru oraz stiuku. Obraz w ołtarzu głównym, trybowany w srebrnej blasze przedstawia Trójcę Przenajświętszą ze świętymi: Franciszkiem, Piotrem, Janem Chrzcicielem, Pawłem i Kingą. W wieńczącej glorii umieszczona jest scena wniebowzięcia Najświętszej Maryi Panny. W ołtarzach bocznych znajdują się wizerunki św. Antoniego i św. Klary. Na drzwiach zakrystii malowidła z XVII w. przedstawiające przeniesienie relikwii św. Stanisława oraz zwycięstwo Bolesława Wstydliwego nad Jadźwingami. Ołtarze boczne w nawie kościoła barokowe poświęcone: po lewej, Matce Bożej Pocieszycielce Strapionych; po prawej, św. Kindze.
W kościele znajduje się unikalna barokowa ambona z 1671 r. na rzucie gwiaździstym, z bogatą dekoracją rzeźbiarską przedstawiającą drzewo genealogiczne Chrystusa i Jego Matki. W przedsionku kościoła znajduje się gotycka chrzcielnica z XV w. w kształcie ośmiobocznego kielicha z dekoracją maswerkową. Wymyślna forma wieżyczki – sygnaturki (ok. 1779 r.) pośrodku korpusu kościoła nadana została przez krakowskiego architekta
Do kościoła przylega czternastowieczna kaplica św. Kingi, otw
arta od nawy dużym oknem w marmurowej oprawie barokowej, odgrodzona ozdobną kratą z XVII w. Po lewej stronie okna umieszczono tablicę pamiątkową, ufundowaną na podziękowanie za kanonizację Panie Ziemi Sądeckiej oraz za pobyt w tym miejscu Ojca Świętego Jana Pawła II 16
czerwca 1999 r. W kaplicy widoczny jest
barokowy ołtarz z posągiem Świętej Księżnej (ok. 1470 r.) wyrzeźbionym w drewnie lipowym. We wnęce pod posągiem znajduje się trumienka z relikwiami Świętej. Bliżej kraty znajduje się dawny grobowiec Kingi w kształcie tumby, w którym początkowo spoczywało Jej ciało.
Zespół klasztorny przebudowany został przez włoskiego muratora Jana de Simoni na początku XVII w. Nadał on niemal nowy charakter budowli poprzez repertuar form manierystyczno-barokowych z dekoracją sgraffitową. Klasztor wzniesiony został na miejscu dawnej, luźnej zabudowy w układzie czworobocznym z wirydarzem pośrodku o surowym i ściśle funkcjonalnym charakterze. Przy tej okazji podkreślony został też charakter obronny założenia poprzez podwyższenie istniejących już murów okalających klasztor. Całości dopełnia narożna cylindryczna baszta od południa oraz okazała wieża bramna, stojąca w sąsiedztwie kościoła.